Chính quyền Ngô Đình Diệm cũng bác bỏ các lời buộc tội. Tuy nhiên, năm 1964, sau khi chính quyền Ngô Đình Diệm bị đảo chính, tòa án quân sự đã bắt Mathew Đặng Sỹ (phó tỉnh trưởng Huế, người đã ra lệnh nổ súng trong vụ việc ở Huế) và kết án tử hình với các tội danh: bắn vào đám đông không vũ trang, dùng xe bọc thép cán người biểu tình, và sử dụng chất nổ nguy hiểm để kiểm soát đám đông... Đặng Sỹ bị buộc tội đã cung cấp lựu đạn cho binh lính và ra lệnh cho họ khai hỏa phía trên đám đông. Đặng Sỹ không thừa nhận trách nhiệm. Ông xác nhận rằng mình cung cấp lựu đạn cho binh sĩ để đe dọa người biểu tình nhưng không ra lệnh cho họ bắn. Nhân chứng Bùi Văn Lượng, cựu Bộ trưởng Nội vụ Việt Nam Cộng hòa, xác nhận rằng Tổng thống Ngô Đình Diệm đã cử ông đến Huế điều tra vụ việc. Ông được các viên chức tại Huế báo cáo rằng vụ thảm sát tại đài phát thanh Huế là do Việt Cộng đặt chất nổ chứ không phải do binh lính của Đặng Sỹ quăng lựu đạn vào đám đông. Vài nhân chứng khác khai rằng binh lính của Đặng Sỹ đã ném lựu đạn vào đông, trong đó một nhân chứng khai đã thấy Đặng Sỹ ném 2 trái lựu đạn.[78] Đối mặt với tình trạng bất ổn nội bộ, Nguyễn Khánh xá tội chết nhưng kết án Đặng Sỹ mức tù chung thân, lao động khổ sai,... cùng với các khoản bồi thường cho các gia đình nạn nhân.